Muzej je smjesten u riznici Cetinjskog manastira.

Cetinjski manastir je izgradjen pocetkom XII vijeka na temeljima starog dvorca Crnojevica. U njemu se nalaze vrijedni predmeti iz srednjevjekovne proslosti: epitrahilj Save Nemanjica, kruna Stefana Decanskog, crkvena zastava Balsica, pecat i stap Ivana Crnojevica. Tu se nalazi i vrijedna zbirka ikona i srednjevjekovnih rukopisa, nastalih na pergamentu ili hartiji, kao i mnoge rijetke knjige, medju kojima i “Oktoih”, stampan 1493/94,  u prvoj cirilicnoj stampariji Ivana Crnojevica.

U Muzeju se nalaze i dvije hriscanske relikvije: Ruka Svetog Jovana Krstitelja i  dio Hristovog Krsta.

Gotovo punih dvadeset vjekova desna ruka Jovana Krstitelja jedna je od najdragocjenijih hriscanskih svetinja. Zato je oktobra 1993 godine gromoglasno odjeknula vijest da se ta svetinja, zajedno sa dijelom krsta na kojem je bio razapet Isus Hrist i ikonom Presvete Bogorodice jevandjeliste Luke, nalazi na Cetinju.

Prema hriscanskom predanju, prorok Jovan je bio sin Zaharije i Jelisavete, koji je krstio Isusa u vodi Jordana, na ciju je obalu dosao da bi propovijedao i pripremio narod na dolazak Spasitelja. Po nalogu cara Iroda, kaznjen je odrubljivanjem glave, a njegovo tijelo je bilo sahranjeno u samarskom gradu Sevastiji.

Dalju sudbinu ove hruscanske relikvije dobrim dijelom su odredjivali istorijski dogadjaji, tako da je ona iz Antiohije poslije 9 vijekova, prenijeta u Jerusalim, Konstatinopolj, na Rodos i na Maltu. Ruskom caru Pavlu I, vitezovi Malteskog reda predali su je 1799 godine, zajedno sa dijelom casnog krsta na kojem je Isus Hrist bio razapet i cudotvornom ikonom Bogorodice Filermske, poslje cega se ona nalazila u carskoj rezidenciji u Gatcini i potom u crkvi Zimskog dvorca u Sankt Peterburgu.

Prema raspolozivim izvorima, poslije revolucije 1917 godine, relikvije su prenijete iz Rusije. Do smrti ih je cuvala Marija Fjodorovna, majka posljednjeg ruskog cara Nikolaja Romanova. Poslije njene smrti, njene kcerke su predale relikviju ruskom mitropolitu Antoniju (Hrapovickom). Mitropolit je svetinje smjestio u pravoslavni hram u Berlinu, a onda zajedno sa njima se preselio u Srbiju, u Sremske Karlovce i povjerio ih kralju Aleksandru Karadjordjevicu.

Svetinje su cuvane u pridvornom hramu Svetog Andreja Prvozvanog uz Bijeli ddvor na Dedinju, a po pocetku drugog svjetskog rata, kralj Petar II predao ih je manastiru Ostrog, ciji ih je arhimandrit sakrio, gdje su ostale sve do 1952 godine.

Tada su ih vlasti pronasle i 1978 godine i ruku Svetog Jovana predale Cetinjskom manastiru, dok su ikonu ustupile na cuvanje cetinjskom Narodnom muzeju.